Là một người rất tâm huyết với Hà Nội, PGS, TS Nguyễn Thừa Hỷ đã có một công trình nghiên cứu công phu, được in trong cuốn sách “Thăng Long-Kẻ Chợ thời Mạc-Lê Trung hưng” do Nhà xuất bản Hà Nội phát hành. Với độ dày gần 1.000 trang, cuốn sách được kết cấu thành 4 chương, gồm: Đời sống chính trị; quy hoạch và diện mạo kinh thành; kinh tế-xã hội; đời sống văn hóa. Ngoài ra, cuốn sách còn có phần tư liệu-phụ lục, trong đó có một số tư liệu bổ ích, như: Bảng phổ hệ triều Mạc, triều Lê Trung hưng và họ Trịnh; tư liệu dịch từ Hán Nôm; tư liệu phương Tây, tư liệu chữ quốc ngữ, một số bài nghiên cứu tuyển chọn; tranh, ảnh, bản đồ… Cuốn sách đã mô tả và phân tích toàn diện các mặt đời sống chính trị, kinh tế-xã hội, văn hóa của Thăng Long-Kẻ Chợ thời Mạc-Lê Trung hưng (1527-1788). Không gian nghiên cứu đặt trọng tâm vào giới hạn kinh thành, bên trong bức lũy Đại La, có mở rộng ra các vùng phụ cận, đặt trong một hệ thống bối cảnh đa cấp: Từ vùng, toàn quốc đến khu vực và thế giới. Tác giả đã tận dụng khối tư liệu đương thời từ nhiều nguồn trong nước và ngoài nước; thư tịch và ngoài thư tịch, chính thống và phi chính thống, có xử lý, đối chiếu và thẩm định. PGS, TS Nguyễn Thừa Hỷ đã tổng hợp phân tích về vị thế, vai trò của Thăng Long trong diễn trình lịch sử, đặc trưng cấu trúc và vận hành của đô thị cùng tác dụng của nó đối với xã hội Việt Nam truyền thống; đánh giá cách ứng xử của đô thành-đô thị này trước các cơ hội và thách thức cùng với những hệ quả tích cực và tiêu cực. Từ đó, cuốn sách rút ra những khuôn mẫu truyền thống và bài học lịch sử để lại như những thông điệp đa nghĩa và bổ ích của quá khứ nhắn gửi cho hiện tại, tham khảo cho công cuộc đổi mới và xây dựng chính quyền đô thị, quan hệ giữa nhà cầm quyền và dân chúng, quan hệ giữa kinh tế và chính trị, kinh tế và văn hóa, sự phát triển nền dân chủ đô thị của Hà Nội hôm nay và tương lai. Dưới thời Mạc-Lê Trung hưng, Thăng Long-Kẻ Chợ đã chứng kiến một giai đoạn đầy biến động trên tất cả các lĩnh vực. Đây là giai đoạn duy nhất trong lịch sử Đại Việt liên tục ở trong tình trạng cùng một lúc có hai vua (Lê-Mạc), rồi hai chúa (Trịnh-Nguyễn), rồi lại có cả vua lẫn chúa (vua Lê-chúa Trịnh). Điều đó đã nói lên sự phức tạp, mâu thuẫn đan xen giữa mô hình chính trị, hệ tư tưởng với thực thể đời sống. Ngoài ra, Đại Việt lúc này còn phải đương diện với thế giới, những quốc gia trong khu vực và cả những đối tác mới đến từ phương Tây. Dù biến động là vậy nhưng Thăng Long-Kẻ Chợ thời kỳ này được PGS, TS Nguyễn Thừa Hỷ đánh giá là vẫn giữ được vị thế hàng đầu trên mọi lĩnh vực, lan tỏa ảnh hưởng ra khắp vùng Đồng bằng Bắc Bộ và trong toàn quốc. Trong toàn cảnh nền kinh tế hàng hóa-thị trường hưng khởi, Thăng Long-Kẻ Chợ thời kỳ này đã chuyển biến thực sự với sự phát triển đồng bộ và cân đối giữa nội thành-ngoại thị, giữa thủ công nghiệp và thương nghiệp, giữa yếu tố nhà nước và dân gian. Mặt khác, Thăng Long lúc này không còn độc quyền về quyền lực của nhà nước trong toàn quốc khi ở Huế có đô thành Phú Xuân của chúa Nguyễn. Tuy vậy, Thăng Long-Kẻ Chợ vẫn là nơi tập trung đông đảo các nho sĩ, văn nhân tài tử, giới tinh hoa ưu tú khắp các nơi đổ về học tập, thi cử, buôn bán làm ăn. Là một chuyên gia hàng đầu về giai đoạn này, PGS, TS Nguyễn Thừa Hỷ đã cố gắng gạt bỏ mọi định kiến cảm tính cực đoan trong khi nhận định, bình luận để có một cái nhìn đa chiều nhằm giúp bạn đọc hiểu sâu sắc hơn về Thăng Long-Kẻ Chợ.