Ở giai đoạn I của Dự án Điều tra, sưu tầm, biên soạn và xuất bản Tủ sách Thăng Long ngàn năm văn hiến, NXB Hà Nội đã phối hợp cùng PGS-TS Hoàng Anh Tuấn tổ chức điều tra, sưu tầm được trên 8.000 trang tư liệu gốc từ nhật ký thương điếm công ty Đông Ấn Hà Lan (VOC) cùng 1.000 trang tư liệu của công ty Đông Ấn Anh về Kẻ Chợ - Đàng Ngoài thế kỷ XVII. Trên cơ sở khối tư liệu đó, PGS-TS Hoàng Anh Tuấn đã bước đầu tổ chức, phân loại, lược dịch một số tư liệu quan trọng, biên soạn cuốn sách chuyên khảo “Tư liệu các công ty Đông Ấn Hà Lan và Anh về Kẻ Chợ - Đàng Ngoài thế kỷ XVII”. Công trình được xuất bản trong dịp Đại lễ kỷ niệm 1.000 năm Thăng Long - Hà Nội và nhận được sự quan tâm đánh giá cao của độc giả, đặc biệt từ giới nghiên cứu sử học, văn hóa học, văn bản học. Nhận xét về các tài liệu này, PGS-TS Nguyễn Thừa Hỷ cho hay: “Các tư liệu Công ty Đông Ấn này không phác họa cho chúng ta một bức tranh toàn cảnh về Thăng Long - Kẻ Chợ thế kỷ XVII, nhưng nó đã giúp ta hiểu biết thêm nhiều về tình hình kinh tế, xã hội, ngoại thương, về tầng lớp vua chúa, quan lại ở Thăng Long - Kẻ Chợ thời kỳ này qua cách ứng xử, giao dịch với người ngoại quốc. Tư liệu cũng hé lộ một số những câu chuyện thâm cung bí sử, nội tình chính quyền Thăng Long, bổ khuyết cho các bộ chính sử Việt Nam”. Ấn phẩm năm 2010 đã khẳng định được giá trị, tuy nhiên nguồn tư liệu gốc khai thác được đánh giá còn rất nhiều tiềm năng, nhất là từ góc độ giá trị tư liệu. Chính vì thế ở giai đoạn II của Dự án Tủ sách, NXB Hà Nội tiếp tục phối hợp cùng PGS-TS Hoàng Anh Tuấn tổ chức khảo sát, sưu tầm bổ sung trên 300 trang tư liệu của các thương điếm Anh tại Đài Loan, Bantam (Indonesia), Madras (Ấn Độ), Ayutthaya (Xiêm) cùng hơn 3.000 trang tư liệu của các thương điếm Hà Lan đặc tại Nagasaki (Nhật Bản), Zeelandia (Đài Loan), Ayutthaya (Xiêm), Batavia (Indonesia), hiện đang lưu trữ tại Trung tâm Lưu trữ quốc gia Hà Lan ở La Haye. Trên cơ sở nguồn tư liệu phong phú của hai đợt khảo sát, kết hợp với những nghiên cứu đã được tác giả triển khai trong những năm qua, PGS-TS Hoàng Anh Tuấn đã biên soạn hai công trình: “Tuyển tập tư liệu công ty Đông Ấn Anh về Kẻ Chợ - Đàng Ngoài (1672- 1697)”; “Công ty Đông Ấn Hà Lan ở Kẻ Chợ - Đàng Ngoài (1637 - 1700)”. Dự án Tủ sách Thăng Long ngàn năm văn hiến giai đoạn II do NXB Hà Nội làm chủ đầu tư, tiếp tục khắc họa diện mạo của một thủ đô mới với bề dày lịch sử 1000 năm, từ đó kế thừa và phát huy những giá trị truyền thống tốt đẹp, phát triển thủ đô trong thời kỳ công nghiệp hóa, hiện đại hóa. Tủ sách cũng tạo tiền đề cho việc thành lập ngành Hà Nội học, đưa việc nghiên cứu, biên soạn và xuất bản về Hà Nội trở thành việc làm tập trung, thường xuyên, lâu dài... Cùng với việc khảo sát nguồn tư liệu văn hiến về Thăng Long - Hà Nội đã được tập hợp tại các cơ quan lưu trữ trung ương và địa phương, NXB Hà Nội đã tổ chức điều tra, sưu tầm bổ sung tư liệu nước ngoài (Anh, Pháp và Hà Lan), đã khai thác được trên 9.000 trang tư liệu, gấp gần 2 lần kế hoạch. NXB Hà Nội biên soạn và xuất bản 40 đầu sách (74 tập sách) thuộc các mảng: Địa lý, Lịch sử, Kinh tế - Văn hóa - Xã hội, Văn học Nghệ thuật, Tư liệu Tổng hợp với dung lượng hơn 150.000 trang; 20 đầu sách phổ thông phục vụ rộng rãi bạn đọc nhiều lứa tuổi, thành phần. NXB Hà Nội cũng đã số hóa toàn bộ sách và tư liệu thuộc Tủ sách giai đoạn I, tiếp tục tổ chức số hóa sách và tư liệu giai đoạn II. Số trang sách và tư liệu đưa vào số hóa lên đến hơn 200.000 trang. Tổ chức làm phim tài liệu về dự án, tổng kết các kết quả, thành quả của dự án, khẳng định công sức, những đóng góp của các nhà khoa học, nhà nghiên cứu... đối với việc nghiên cứu, phát triển thủ đô.