Cuốn sách được biên soạn theo các chủ đề của Vi sinh vật học trong chương trình Sinh học THPT tương ứng với cuốn lí thuyết đã xuất bản năm 2011. Đó là các chủ đề:
Chủ đề 1 - Đại cương về thế giới vi sinh vật
Chủ đề 2 - Vi sinh vật học ứng dụng
Chủ đề 3 - Đại cương về virut học
Chủ đề 4 - Miễn dịch học và bệnh truyền nhiễm